ROCK MAKER®

ROCK MAKER®

蛋白质结晶自动化软件

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管理用户的整个实验

一款软件,从头到尾

从设计实验到数据收集,该软件将所有数据集中保存在一个地方。

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提高通量

智能算法,自动评分

使用集成的机器学习算法在几分钟内自动对用户的蛋白液滴进行评分。

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轻松设计实验

只需点击几下即可开始

软件直观易用,能让用户在几秒钟内设计筛选和优化实验。

轻松设计和管理实验

ROCK MAKER 能够让用户比照阵列筛选并优化蛋白质。 筛选实验向导使实验设计变得轻而易举——只需不到一分钟,便能为一种或多种蛋白质创建多个筛选实验。

强大的实验设计

  • 易于使用的软件界面
  • 已预加载最常用的几种筛选条件
  • 独特的条形码可让用户跟踪实验的进展,从移液到成像和最后评分。

 

动态高效的图像查看+评分

ROCK IMAGER 拍摄的图像由 ROCK MAKER 进行收集,用户可以在软件中比较不同图像并对他们打分。当用户发现晶体后,用户可以测量其大小并直接在图像上添加注释。

用户可以使用水平直方图显示 UV、SONICC 和 FRAP 图像的细节,或对感兴趣区域 (ROI) 进行光学放大。

对图像进行轻松查看 + 评分:

  • 用户使用自己的键盘和可自定义的评分模式浏览图像和对图像进行评分
  • 同时查看多达四滴蛋白液滴图像或对同一滴蛋白液滴进行不同成像
  • 以多种模式查看图像,包括幻灯片和全屏

 

使用 MARCO 自动评分

蛋白质晶体学的一个瓶颈是以往需要手动对这些蛋白液滴图像进行评分,这个过程非常耗时且枯燥乏味。随着机器学习的出现,计算机算法能够对蛋白质液滴图像进行分析和评分。其中一项技术叫做对结晶结果的机器识别或简称为 MARCO,它可以在 3 分钟内对 96 孔 - 1 滴结晶板进行评分,准确度约为 94%。MARCO 能根据液滴图像自动推断其为晶体、沉淀、透明或其他物质的可能性。 MARCO 现在已集成到 ROCK MAKER 中,只需单击几下即可自动为您的蛋白液滴评分。

蛋白质晶体学的一个瓶颈是以往需要手动对这些蛋白液滴图像进行评分,这个过程非常耗时且枯燥乏味。随着机器学习的出现,计算机算法能够对蛋白质液滴图像进行分析和评分。其中一项技术叫做对结晶结果的机器识别或简称为 MARCO,它可以在 3 分钟内对 96 孔 - 1 滴结晶板进行评分,准确度约为 94%。MARCO 能根据液滴图像自动推断其为晶体、沉淀、透明或其他物质的可能性。 MARCO 现在已集成到 ROCK MAKER 中,只需单击几下即可自动为您的蛋白液滴评分。

专注于结晶条件优化

晶体识别之后,用户可以快速进行多维优化,在一个板子的行、列和/或象限内调整成分的浓度和pH值。ROCK MAKER可以帮助用户轻松找到晶体生长的理想条件。

迭代筛选优化 (ISO)

ISO 是一个高度自动化的优化过程,可以帮助研究人员从最初看起来不太有结晶希望的结晶条件下产生蛋白质晶体。用户使用预制筛选,就能设置初始筛选实验。在此实验中收集图像后,用户将每个图像评分,然后推断它们为透明液滴、晶体、轻沉淀物或重沉淀物以此来对它们进行分类。基于这些评分,ISO 过程创建了一个新的实验,其中来自每个结晶条件下获得的沉淀剂的浓度被改变 - 增加或减少,以获得蛋白质溶解度曲线中的核心区间。例如,如果初始实验得到的分数对应着透明液滴,那么下一个 ISO 实验将增加沉淀剂的浓度。然后将在新创建的实验(第 2 轮)上执行此 ISO,并且此类迭代将在一系列中再进行几次。在第一次迭代之后,随后的每一轮 ISO 都会考虑最后两次实验的评分来推测下一次实验中的沉淀剂浓度。ROCK MAKER 结晶软件可以为每个 ISO 步骤自动生成实验,根据用户评分调整每个结晶条件下的沉淀剂浓度。

ISO 是一个高度自动化的优化过程,可以帮助研究人员从最初看起来不太有结晶希望的结晶条件下产生蛋白质晶体。用户使用预制筛选,就能设置初始筛选实验。在此实验中收集图像后,用户将每个图像评分,然后推断它们为透明液滴、晶体、轻沉淀物或重沉淀物以此来对它们进行分类。基于这些评分,ISO 过程创建了一个新的实验,其中来自每个结晶条件下获得的沉淀剂的浓度被改变 - 增加或减少,以获得蛋白质溶解度曲线中的核心区间。例如,如果初始实验得到的分数对应着透明液滴,那么下一个 ISO 实验将增加沉淀剂的浓度。然后将在新创建的实验(第 2 轮)上执行此 ISO,并且此类迭代将在一系列中再进行几次。在第一次迭代之后,随后的每一轮 ISO 都会考虑最后两次实验的评分来推测下一次实验中的沉淀剂浓度。ROCK MAKER 结晶软件可以为每个 ISO 步骤自动生成实验,根据用户评分调整每个结晶条件下的沉淀剂浓度。

针对随机结晶条件进一步优化

ROCK MAKER 可以根据用户选择的有结晶希望的结晶条件快速生成完全随机的优化筛选。通过调整浓度、pH 值以及缓冲液、沉淀物、盐和添加剂的出现可能性来创建具有独特结晶条件的实验。

分析用户的数据以改进之后的实验设计

用户可以使用 ROCK MAKER 强大的搜索和过滤功能快速对结果进行深入分析。根据之前进行的实验和用户自己定义的标准,用户可以对感兴趣的蛋白质的最有利结晶条件做出明智的预测。

内置数据分析+报告工具

  • 使用搜索和过滤功能来寻找数据,以根据各种参数发现结晶趋势,帮助用户继续研究工作并专注于可能有助于结晶变大变好的结晶条件
  • 创建和操作图表以可视化用户的实验结果
  • 为用户的实验室笔记本打印各种实验报告

随时随地掌握实验

ROCK MAKER WEB

ROCK MAKER WEB 是一项可选功能,专门为希望给工作者提供灵活性-从网络浏览器查看图像和对图像评分-的实验室而设计。

ROCK MAKER WEB 和 ROCK MAKER 的更改始终保持同步,包括为用户访问设置的权限。

ROCK MAKER WEB 适合平板电脑使用,支持常见的平板电脑手势操作,旨在让用户使用指尖完成工作。

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随时支持和帮助用户的实验室获得更多成绩

内置的ROCK MAKER University培训

ROCK MAKER University 提供软件主要特性和功能的导览。它还包含涵盖整个晶体学过程的指导教程,以帮助用户设计需要创建的实验。

打个比方,当用户完成“制作蛋白质”教程后,他的努力带给了它可用于任何实验的蛋白质配方。因而与 ROCK MAKER University 一起学习使用该软件不会浪费用户时间。

世界级的服务支持

我们的支持团队在客户满意度方面不断斩获好评。使用过程中如果遇到困难,请发送电子邮件或致电 - 一个小时内就会有人处理您的问题。

 

持续的用户驱动改进

平均每年发布两次软件更新,用户的反馈和建议会在全年内经过开发、测试然后落地使用——这意味着 ROCK MAKER 背后的智囊团是在全球领先的制药公司和研究型大学工作的结晶学家们。

不同版本满足不同用户的需求和预算

企业版本 成像版本 设计版本
筛选实验
优化实验
迭代筛选优化与成像版结合使用时
成像以及对图像评分
MARCO 自动评分
报告
同步管理
移液
数据搜索和过滤
硬件集成所有仪器ROCK IMAGER, SONICC, FRAPFORMULATOR, NT8, MANTIS*

*与FORMULATOR组合使用时

用户评价

资源

刊物